問：多肽的兩端應如何處理？是保持自由狀態還是屏蔽起來？ 

答：多肽是用來模擬蛋白的，為了模仿蛋白的表現，我們需要合成與蛋白有相似的結構和電荷的多肽。當一條肽段從一個蛋白中“切出”之后，兩端的電荷數將與基因體蛋白有差異。我們需要改變合成策略來使他們一致。 總體而言： 如果是出自蛋白C端的序列，通過乙?；瘜端屏蔽； 如果是出自蛋白N端的序列，通過酰胺化將C端屏蔽； 如果是出自蛋白中間部分，用乙?；王０坊瘜啥硕计帘?。 

問：如果我的肽純度是95%，那么，其余的5%都是些什么物質？ 

答：多肽的純度通常是通過HPLC，用每分鐘1%的標準乙晴梯度來檢測決定的。合成過程中，氨基酸之間的交聯效率不是總能達到100%，因而產生一系列的氨基酸缺失的雜質。大多數這樣的氨基酸缺失的雜質在純化過程中都被去掉了，但有少數的雜質其色譜表現與目標多肽很相近。這些氨基酸缺失的雜質肽留在了多肽樣品中就構成了余下的幾個百分點。

問：如何重新溶解多肽？ 

答：多肽的溶解與多肽的序列相關，首先試蒸餾水和超聲（1-10MG/ML），如果不溶，計算肽中的堿性殘基（Lys,Arg,His和自由氨基端）和酸性殘基（Gly,Asp和自由羧基端）的數目。如果堿性基團偏多，可以滴加1N的醋酸，直到溶解為止，如果酸性基團居多，滴加1N的氨水，直到溶解為止。如果在實驗中需要用緩沖液，建議在多肽完全溶解之前不要加入鹽，因為鹽會使肽的溶解度降低。如果上述溶液中肽都不溶，可以試試用少量有機溶劑如DMSO，乙晴或DMF。