大多肽在-20℃很穩定，特別是冷凍干燥并保存在干燥器中，在將它們暴露于空氣之前， 冷凍干燥多肽可以放于室溫。這將是濕度影響減少，當無法冷凍干燥時，最好的方法是以小的工作樣量存放。 
對于含Cys, Met orTrP的多肽，脫氧緩沖劑對其溶解必不可少，因為這種多肽可易空氣氧化， 在封瓶前，慢慢流過多肽的氮氣或氬氣也會降低氧化作用。含Gln或Asn的多肽也容易降解，所有這些肽與不含這些有問題解苷的那些肽相比，生命期有限。