多肽：

通常由10~100氨基酸分子脫水縮合而成的化合物叫多肽，它們的分子量低于10，000Da（Dalton，道爾頓），能透過半透膜，不被三氯乙酸及硫酸銨所沉淀。也有文獻把由2~10個氨基酸組成的肽稱為寡肽（小分子肽）；10~50個氨基酸組成的肽稱為多肽；由50個以上的氨基酸組成的肽就稱為蛋白質。

蛋白質：

生物體中廣泛存在的一類生物大分子，由核酸編碼的α氨基酸之間通過α氨基和α羧基形成的肽鍵連接而成的肽鏈，經翻譯后加工而生成的具有特定立體結構的、有活性的大分子。是α—氨基酸按一定順序結合形成一條多肽鏈，再由一條或一條以上的多肽鏈按照其特定方式結合合而成的高分子化合物。

聯系就是：都是由20種基本氨基酸通過肽鍵連接而成的。

區別如下：

1.在結構上：

多肽指的是，多個氨基酸脫水縮合形成的線性氨基酸鏈；

蛋白質，可能只具有一條多肽鏈，也可能是由多條多肽鏈構成。

2.在功能上：

多肽，不一定具有生物學活性；

蛋白質，一般都具有生物學活性。

3.在內涵上：

多肽，一般只是強調它的線性序列，即一級結構；

蛋白質，是一個強調三維空間結構的術語，即蛋白質具有二級結構、三級結構或者四級結構。

這兩個名詞，最主要的區別還是在于它們的功能和內涵上。