磷酸化和非磷酸化的抗體主要區別有：

磷酸化抗體的檢測的是出于活性狀態（磷酸化）的蛋白。

2.磷酸化抗體只針對磷酸化位點設計，是一種位點特異性的多抗，這到有些單抗的特性。3.普通抗體的合成（多抗）：原核表達蛋白-〉純化-〉免疫動物-〉收獲抗體。

4.磷酸化抗體合成：人工合成含磷酸化位點的多肽-〉人工體外磷酸化-〉鏈接半抗原-〉免疫動物-〉收獲抗體。

5.磷酸化的蛋白很大部分是轉錄相關因子。因此使用磷酸化抗體和普通抗體。檢測同一個蛋白，原位檢測可能具有不同的細胞定位。轉錄因子磷酸化后由細胞質進入細胞核。

6.一般而言，磷酸化蛋白的實驗結果與分子功能更直接相關。

非磷酸化抗體是測該蛋白的含量，不能知道其活性狀態，磷酸化抗體是測該蛋白的磷酸化水平如何，側重于了解該蛋白的一種活性狀態。

磷酸化抗體主要是針對磷酸化位點制備的,檢測該蛋白在細胞受到刺激時該蛋白的變化情況(磷酸化水平增強還是減弱)。

非磷酸化抗體(主要針對非磷酸化位點的肽段制備的)主要檢測組織或細胞中該蛋白的表達情況,組織分布或細胞中定位,同時可以作為磷酸化水平變化的內參等.。