在多肽固相合成中，氨基酸缺失是最常見最嚴重的問題之一。缺失肽與目標多肽的不同在于少了一個或幾個氨基酸，一般情況下，這些缺失肽的極性與目標多肽的極性是非常接近的，從而增加了純化的難度。

上圖展示了使用SPPS合成的>40mer的多肽，即使經過細致的二維HPLC純化后，把絕大多數的雜質給分走了，但仍然有缺失肽未能完全分開。這說明了缺失肽嚴重的影響固相多肽的合成純度。下面給大家介紹缺失肽的成因以及如何避免其形成。

1.氨基酸偶連不完全

在固相合成中，氨基酸偶連不完全是缺失肽形成的重要原因之一。在氨基酸偶連后，進行封端能夠避免極性相近的缺失肽的形成。一般情況下，封端肽要比缺失肽更容易分離與辨認。

避免缺失肽形成的策略：每步偶連氨基酸后進行封端處理或者至少在難偶連的氨基酸后進行封端。

2.Fmoc保護基脫除不完全

脫除Fmoc保護基不完全導致的氨基酸缺失：

對Fmoc難脫除的反應進行監控：

避免缺失肽形成的策略：辨明難脫除的Fmoc保護基位點并優化其脫保護條件。

3.二酮哌嗪的形成

二酮哌嗪的形成導致雙氨基酸的缺失：

避免缺失肽形成的策略：

（1）避免容易形成二酮哌嗪的N端的序列；

（2）當N端容易發生環化形成二酮哌嗪時，避免使用強酸或強堿等；

（3）使用大位阻的樹脂。

4.未對反應不完全的樹脂進行封端

未對樹脂上未反應的反應位點進行封端會導致C端缺失肽的形成。

避免缺失肽形成的策略：確保樹脂完全反應。

5.原料含有雜質

   比如說，在自己準備的二肽原料中含有雜質，這樣也會導致缺失肽的產生：

避免缺失肽形成的策略：嚴格控制用于固相合成的原料純度。

6.反應體系中出現醛或酮

Kent發現含有醛基的樹脂會引起缺失肽的產生。醛基或酮羰基會通過如下圖反應的機理來使N端無法正常偶連，從而產生缺失肽。

除了樹脂上的醛或酮羰基以外，溶劑或原料中的醛或酮也會對裸露的N端進行暫時性的封端，從而導致缺失肽的產生。

避免缺失肽形成的策略：確保用于固相合成的樹脂、溶劑、試劑和反應物中沒有醛或酮類雜質。

總結：

1.產生缺失肽的原因有很多；

2.在固相合成中，抑制缺失肽的形成是非常重要的，這樣能降低分離純化的難度；

3.避免缺失肽產生的策略有很多，具體采取何種策略必須根據實際情況而定；

4.必須嚴格控制固相合成中的原料純度、反應條件等因素，這樣才能減少缺失肽的產生。