研究多肽結(jié)構(gòu)的主要目的是解釋其氨基酸組成和序列是否正確，如果多肽分子中含有胱氨酸，則應(yīng)澄清其狀態(tài)(氧化態(tài)或還原態(tài))，并確定含有多種半胱氨酸的多肽的正確的二硫鍵連接位點(diǎn)。對于某些長肽，可能還需要利用核磁共振(NMR)、圓二色譜等方法來研究它們的空間結(jié)構(gòu)(如二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu))。

    對于短肽，元素分析、紅外光譜、核磁共振波譜、氨基酸組成分析、質(zhì)譜等常用方法有時(shí)足以解釋它們的結(jié)構(gòu)特征。如果從上述測試中獲得的信息難以合理分析和分配，則應(yīng)進(jìn)行氨基酸測序。

    中、長肽應(yīng)進(jìn)行氨基酸組成和氨基酸序列分析。氨基酸序列的一般方法是Edman降解，這是測定N-末端氨基酸的化學(xué)方法。基于快速原子轟擊、電噴霧、場分析和激光分析質(zhì)譜等多種技術(shù)的質(zhì)譜技術(shù)可以提供多肽的分子量和序列信息，是對Edman降解的良好補(bǔ)充。

    對于含有20多個(gè)氨基酸殘基的肽，如果不能直接確定其序列，則可根據(jù)肽的分子量和氨基酸組成的特點(diǎn)，利用特定的蛋白水解酶將其分解成小片段，然后對每個(gè)小片段的序列進(jìn)行分析。

    當(dāng)肽含有非天然氨基酸和氨基酸衍生物時(shí)，應(yīng)在結(jié)構(gòu)研究中加以證實(shí)。此時(shí)，應(yīng)在相應(yīng)的研究中研究這些非天然氨基酸和氨基酸衍生物的色譜行為。