2016年1月27日，中國工程院的《中國食品安全現狀、問題及對策戰略研究》分析了我國食品安全存在以下四大問題：
　　1、 病原微生物防控是食品安全的剛性需求。
　　2009-2013年，衛計委網絡直報系統共收到食源性疾病暴發時間1244起，累計中毒人數38958人，749人死亡，其中微生物和生物毒素引發的食源性疾病暴發事件數、患者和死亡人數分別占72%、76%、66%。上述數據說明，病原微生物防控是食品安全的剛性需求。
　　2、 農藥獸藥濫用仍然是當前我國食品安全源頭污染的主要來源。
　　2012—2015年，全國31個省會城市直轄市對蔬果農藥殘留運用液相色譜質譜分析的檢測結果顯示，檢出率38.2%—88%，檢出頻次達到25447次。上述數據說明，我國在農獸藥殘留的應用上仍然處于無序狀態，由此也造成了食品安全環境源頭的污染。
　　3、 重金屬、真菌毒素污染物成為糧食安全的長期隱患。
　　糧食重金屬的污染主要是鎘、砷、鉛、汞。從糧食部門檢測的情況看，總超標率已經達到了9%以上。從地區來看，重金屬超標率比較高的是南方和西南方的糧食產區。這與土壤中金屬的污染相一致。由此說明，這些地緣污染與環境重金屬的污染密切相關。在真菌毒素方面，聯合國糧農組織統計，全球每年有25%的糧食受到真菌毒素的污染，每年糧食及產品損失達到10億噸。據統計，我國每年有3100多萬公噸的糧食在生產、儲存、運輸、銷售過程中受到真菌毒素污染，約占糧食年總產量的6.2%。如有采取科學的農產品真菌毒素防護措施，中國每年能減少約850多億元損失。
　　4、 非法添加和摻雜使假仍然是我國現階段突出的食品安全問題。