首尾相搭多肽矩陣（Overlapping Peptide Library): 主要用于全蛋白掃描。首尾相搭的多肽矩陣是用于篩選線性或連續性表位的一種常用手段。這種肽庫的設計主要由肽長(peptide length)和步移(offset number) 兩個關鍵參數決定。蛋白從N端開始，逐步向C端截取設計后，最后很有可能會剩下一條孤肽(Orphan peptide)，我們建議一般是將N端轉移一個或者幾個氨基酸過來，以保持一致長度。

截頭多肽矩陣（Truncation Peptide Library）: 用于確定表位的最小范圍。截頭多肽矩陣的建立方法一般是系統性地去除原多肽序列兩側氨基酸而得到的。頭多肽矩陣用于鑒定與活性有關的最少氨基酸序列。

Ala篩選矩陣(Alanine Peptide Scanning Library): 用于鑒定多肽各位點對生物活性的影響。Ala被系統性地、依次地替代多肽序列中的每一個氨基酸。通過Ala篩選肽庫以辨出某一特定氨基酸對整個蛋白結構、功能和其他生物活性的影響。

隨機多肽文庫（Random Peptide Library）: 此多肽文庫的設計是以20種天然氨基酸通過鳥槍式法（shotgun approach）同時地、隨機地取代被選擇的氨基酸殘基。澤溪源的隨機多肽文庫在被選擇的氨基酸中構建了盡可能多的突變。這類文庫中的替代肽有可能是增強多肽活性的。

Scrambled Peptide Library: 此類型庫的設計是基于原有多肽氨基酸序列的內部置換。它是突變程度最高的多肽文庫，被攪亂的多肽通常被用于作為陰性對照證實某一特定序列是蛋白功能或活性的關健。它也是一個用來發現新目標的隨機篩選工具。

單位點掃描矩陣(Positional Scanning Peptide Library)： 用于序列改造以提高多肽活性。多肽某個選定的區域或位點被系統地用其他氨基酸替換，這類肽庫有助于研究人員發現在某個特定位置上具有特殊影響或活性的特定區域。