多肽的不穩定性是其制劑研究中存在的主要問題之一，其原因較多。但對某一個多肽來說引起不穩定的主要原因并不多。詳細研究外界條件(如PH、溫度、光照、氧濃度等)對多肽穩定性的影響有助于設計合理的制劑配方。盡管添加劑穩定多肽的機制還不十分清楚，使用添加劑仍是目前提高多肽制劑穩定性的主要手段之一。應用CD、DSC等分析手段可幫助快速篩選道合適的添加劑。

引起多肽不穩定的原因

1. 脫酰胺反應 在脫酰反應中，Asn/Gln 殘基水解形成Asp/Glu。非酶催化的脫酰胺反應的進行。在Asn-Gly-結構中的酰胺基團更易水解，位于分子表面的酰胺基團也比分子內部的酰胺基團易水解。

2. 氧化多肽溶液易氧化的主要原因有兩種，一是溶液中有過氧化物的污染，二是多肽的自發氧化。在所有的氨基酸殘基中，Met、Cys和His、Trp、Tyr等最易氧化。氧分壓、溫度和緩沖溶液對氧化也都有影響。

3. 水解 多肽中的肽鍵易水解斷裂。由Asp參與形成的肽鍵比其它肽鍵更易斷裂，尤其是Asp-Pro和Asp-Gly 肽鍵。 

4. 形成錯誤的二硫鍵 二硫鍵之間或二硫鍵與巰基之間發生交換可形成錯誤的二硫鍵，導致三級結構改變和活性喪失。

6. β-消除 β-消除是指氨基酸殘基中β碳原子上基團的消除。Cys、Ser、Thr、Phe、Tyr 等殘基都可通過β-消除降解。在堿性PH下易發生β-消除，溫度和金屬離子對其也有影響。

7. 變性、吸附、聚集或沉淀變性一般都與三級結構以及二級結構的破壞有關。在變性狀態，多肽往往更易發生化學反應，活性難以恢復。在多肽變性過程中，首先形成中間體。通常中間體的溶解度低，易于聚集，形成聚集體，進而形成肉眼可見的沉淀。

蛋白質的表面吸附是其貯存、使用過程中遇到的另一個令人頭痛的問題，如riL-2在進行曲灌注時會吸附在管道表面，造成活性損失。