活性肽的分類可按原料來源和保健功能來劃分。按原料劃分的類別有：

　　乳肽：主要由動物乳中酪蛋白與乳清蛋白酶解制得，比原蛋白更易溶解于水和被人體消化吸收，且耐酸、耐熱、滲透壓低，是活性肽中需求量最大、應用最廣的保健食品素材。

　　大豆肽：由大豆蛋白酶解制得。具有低抗原性、抑制膽固醇、促進脂質代謝及發酵等功能。用于食品能快速補充蛋白質源，消除疲勞以及作為雙歧桿菌增殖因子。

　　玉米肽：由玉米蛋白酶解制得。具有抗疲勞，改善肝、腎、腸胃疾病患者營養的功能，并可促進酒精代謝，用做醒酒食品。

　　豌豆肽：酶解豌豆蛋白制得。口味溫和、價廉，可用于嬰兒配方乳粉。

　　卵白肽：酶解卵蛋白制得。具有易消化吸收、低抗原、耐熱等特點，可用于流動食品、營養食品或糕點中。

　　畜產肽：由牲畜肌肉、內臟、血液中的蛋白經酶解而制得，如脫脂牛肉酶解制得牛肉肽，含較高支鏈氨基酸和肉毒堿，是低熱量蛋白質補充劑;新鮮豬肝經酶解、脫色、脫臭、超濾精制得肝肽，可作促鐵吸收劑，用于嬰兒食品、飲料、糕點等;豬血經酶解制得血球蛋白肽，可用于各類食品。

　　水產肽：各種魚肉蛋白酶解制得的肽，如沙丁魚肽，是血管緊張素轉換酶抑制肽，不含苦味，可用于制作防治高血壓的保健食品或制劑。

　　絲蛋白肽：蠶繭絲蛋白經酶解制得的低肽，具有促進酒精代謝、降低膽固醇、預防癡呆等多種功能，可用于醒酒食品和特種保健食品。

　　復合肽：動植物、水產、畜產等多種蛋白質混合物經酶解制得的復合肽，具有改善脂質代謝功能，可用于各類保健食品。

　　按活性肽保健功能分類有：易消化吸收肽：主要是二肽、三肽等低肽，比氨基酸消化吸收快，吸收率高，并具有低抗原性、低滲透壓，不會引起過敏、腹瀉等不良反應，適用于胃功能低下、消化道疾病患者術后恢復、耐久力運動員、嬰幼兒及老人的滋補食品。

　　抗菌肽：又稱抗微生物肽，廣泛分布于自然界，在原核生物和真核生物中都存在。如植物、微生物、昆蟲和脊椎動物在微生物感染時迅速合成而得，也可采用基因克隆技術生產，如乳鏈菌肽(Nisin)即具有很強殺菌作用。抗菌肽主要用于食品防腐保鮮。

　　嗎啡片肽：源于動物乳中酪蛋白、乳清蛋白、乳球蛋白分離和血紅蛋白、植物蛋白酶解而得，是最早的食品蛋白肽，具有鎮痛、調節人體情緒、呼吸、脈搏、體溫、消化系統及內分泌等功能。

　　類嗎啡拮抗肽：用牛乳K-酪蛋白經胰蛋白酶作用分離而得，與類嗎啡肽相拮抗，具有抑制血管緊張素轉換酶與平滑肌收縮活性等功用。

　　血管緊張素轉換酶抑制肽(簡稱ACEI肽)從天然蛇毒中分離和細菌膠原酶降解膠原蛋白或牛乳酪蛋白、大豆、玉米、沙丁魚、磷蝦蛋白等酶解而制得的ACEI肽，是血管緊張素轉換酶抑制劑，具有降血壓的顯著功效。其低肽易消化吸收，具有促進細胞增殖、提高毛細血管通透性等作用，可用做降壓功能食品基料。

　　抑制膽固醇作用肽：大豆等植物蛋白經胃蛋白酶或胰酶作用而制得，具有高疏水性，能刺激甲狀腺素的分泌，促進膽固醇的膽汁酸化，增加膽固醇排泄，用于降膽固醇的保健食品。

　　促進礦物質吸收肽　主要是動物乳中酪蛋白經胰蛋白酶作用后制得的酪蛋白磷酸肽(CPP)，具有促進鈣、鐵吸收的功能，可用于幼兒、老年食品和耐乳糖過敏的酸奶等產品。

　　機體防御功能肽　如谷胱甘肽(GSH)，系用微生物細胞或酶生物合成，也可用大腸桿菌重組生產，具有多種重要生理功能。

　　苦味肽　是蛋白質酶解液中的苦味物質，由某些疏水基因和疏水性氨基酸構成，可用活性炭吸附或用某些端肽酶、乳酸菌、釀酒酵母等微生物進一步水解，脫除或減輕苦味后，其必需氨基酸含量比酶解液中更高，營養價值更大，可用做食品營養強化劑。

　　肝性腦病防治肽　如F值寡肽，系由動物或植物蛋白酶解制得，用于防治肝性腦病藥品和護肝保健食品或抗疲勞食品。