多肽結構研究的主要目的是要說明其氨基酸組成和序列是否正確。多肽分子中如有半胱氨酸，應明確其狀態（氧化態或還原態），對含有多個半胱氨酸的多肽，應明確二硫鍵的正確連接位點。對于某些長肽，可能還需要采用核磁共振、園二色譜等方法對其空間結構（例如二級、三級結構）進行研究。
      對于短肽，采用元素分析、紅外光譜、核磁共振譜、氨基酸組成分析、質譜等常見方法，有時就足以說明其結構特征。如果上述測試取得的信息難以進行合理解析和歸屬，應進行氨基酸序列測定。
      對于中、長肽應進行氨基酸組成和氨基酸序列分析。闡明氨基酸序列的通用方法是Edman降解，這種方法是測定N端氨基酸的一種化學方法；基于多種技術的質譜，如快原子轟擊、電噴霧、場解析和激光解析質譜，可提供多肽的分子量及其序列信息，是對Edman降解的很好補充。
      中、長肽的結構研究中，盡管紫外光譜、紅外光譜、核磁共振譜等能夠提供的可供分析的信息有限，但在一些情況下，上述研究還應考慮進行。例如，在可獲得結構確證對照品時，進行上述譜圖的對比測定，對于說明所研制產品的結構有重要意義；對于全新結構的多肽，進行上述研究，也可為說明多肽結構提供輔助信息，并為質量研究和質量標準的制訂提供信息。
     對于含有20個以上氨基酸殘基的多肽，如不能直接確定其序列，可根據多肽分子量大小及氨基酸組成特點，使用專一性較強的蛋白水解酶（一般為肽鏈內切酶）將多肽裂解成小片段，再分析各小片段的序列。
    當多肽中含有非天然氨基酸及氨基酸衍生物時，結構研究中應予以證明。此時，應在相應的研究中，考察這些非天然氨基酸及氨基酸衍生物的色譜行為。